LO QUE HACEMOS>>
En nuestro laboratorio estudiamos los factores que modulan la estructura y función de los microbiomas de la piel en anfibios. Los microorganismos que viven en la piel de los anfibios pueden tener un papel protector contra organismos patógenos que han causado colapsos poblacionales y extinciones de anfibios en todo el mundo.
A través del uso de nuevas tecnologías de secuenciación así como métodos clásicos de cultivo, buscamos entender las bases ecológicas y evolutivas que dan lugar a la simbiosis entre anfibios y microorganismos.
EL MICROBIOMA DE AMBYSTOMA ALTAMIRANI: estudio de los factores bióticos y abióticos que influyen sobre la microbiota simbionte de la piel del ajolote de arroyo de montaña
En este proyecto buscamos analizar la diversidad de la microbiota de la piel en el ajolote Ambystoma altamirani. Esta especie de salamandra acuática pedomórfica es microendémica de la Sierra de Cruces, una cadena montañosa que provee una gran cantidad de servicios ambientales a la zona central del país. A. altamirani se encuentra gravemente amenazada por la pérdida de hábitat, la contaminación y la introducción de especies exóticas. El objetivo principal de este proyecto es determinar los factores bióticos y abióticos que influyen sobre la diversidad y función de la comunidad microbiana simbionte en este ajolote.
Descifrando el microbioma de la piel en ajolotes y las consecuencias de la interacción huésped-microbioma sobre una enfermedad letal emergente.
Este proyecto tiene como objetivo determinar si los factores genéticos asociados al hospedero (diversidad genética, historia demográfica y la respuesta inmune) modulan la diversidad y estructura de las comunidades microbiana de la piel en especies de ajolotes (Ambystoma) endémicos de la Faja Volcánica Transmexicana. Con esta información, también se determinará si la incidencia de los hongos patógenos Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) y B. salamandrivorans (Bsal) se asocian con combinaciones específicas de factores asociados al hospedero o a sus microbiomas cutáneos.
En este trabajo realizaremos análisis detallados de la diversidad microbiana cutánea, la diversidad genómica del hospedero, la diversidad de secreciones de péptidos antimicrobianos (AMPs), y la incidencia de los patógenos Bd y Bsal. Nuestros sistemas de estudio son ocho especies de ajolotes endémicos del Eje Neovolcánico Transversal de México: Ambystoma altamirani, A. ordinarium, A. dumerili, A. andersoni, A. granulosum, A. velasci, A. mexicanum y A. taylori. Estas especies poseen distribución restringida en lagunas y ríos, y se encuentran en alguna categoría de riesgo por la Ley Mexicana NOM-059-Semarnat-2010 y la UICN. Evaluaremos por primera vez el microbioma de la piel (bacterias y hongos) y la secreción de péptidos antimicrobianos en poblaciones de ajolotes silvestres. También llevaremos a cabo una búsqueda de polimorfismos (SNPs) en el genoma de las ocho especies de ajolotes. La detección de SNPs será una herramienta esencial para ligar patrones entre la diversidad genética y historia demográfica de los ajolotes, con la diversidad del microbioma cutáneo y la incidencia de hongos patógenos. La integración de estos datos nos permitirá proponer estrategias de conservación para estas especies de ajolotes que se encuentran amenazadas o en peligro de extinción.
Este es un Proyecto de Ciencia de Frontera – CONACYT liderado por la Dra. Eria Rebollar del Centro de Ciencias Genómicas y en colaboración con investigadores del Instituto de Biología UNAM, la Universidad Michoacana, la Universidad Autónoma del Estado de México, y el Colegio de la Frontera Sur.
